ครูบาศรีวิชัยเกิดเมื่อวันอังคารที่ 11 มิถุนายน พ.ศ. 2421 ปีขาล เวลาพลบค่ำ ขณะนั้นมีพายุฟ้าร้องรุนแรง จึงตั้งชื่อว่า อินตาเฟือน หรือ อ้ายฟ้าร้อง[4] บิดาชื่อควาย ส่วนมารดาชื่ออุสา นายควายบิดาเป็นบุตรของนายอ้าย กับนางน้อยธิดาของหมื่นผาบ (มาต่า) หมอคล้องช้างชาวกะเหรี่ยงแดงจากเมืองกันตรวดีที่เจ้าดาราดิเรกรัตนไพโรจน์ชวนมาอยู่ลำพูนด้วยกัน ส่วนนางอุสามารดาของท่าน บางแห่งว่าเป็นชาวเมืองเชียงใหม่ บ้างว่าเป็นธิดาหนานไจยา ชาวเมืองลี้ เพ็ญสุภา สุขคตะสรุปว่าครูบาศรีวิชัยมีเชื้อสายกะเหรี่ยงแดงจากฝั่งบิดา และอาจมีเชื้อสายกะเหรี่ยงขาวและยองจากฝั่งมารดา[5]
เมื่ออายุได้ 18 ปี ท่านคิดว่าชาตินี้เกิดมายากจนเพราะในอดีตไม่ได้ทำบุญไว้เพียงพอ จึงควรออกบวชรักษาศีลปฏิบัติธรรมไว้เพื่อประโยชน์สุขในภายหน้า และจะได้ตอบแทนพระคุณมารดาบิดาทางหนึ่งด้วย ท่านจึงลาบิดามารดาไปอยู่วัดบ้านปาง ศึกษาเล่าเรียนและบวชเป็นสามเณรกับพระอาจารย์ขัติยะ (หรือครูบาแข้งแขะ เพราะท่านเดินขากะเผลก) จนอายุได้ 21 ปี จึงได้อุปสมบทในอุโบสถวัดบ้านโฮ่งหลวง อำเภอบ้านโฮ่ง จังหวัดลำพูน โดยมีครูบาสมณะ วัดบ้านโฮ่งหลวง เป็นพระอุปัชฌาย์[4] ได้รับฉายาในการอุปสมบทว่า “สีวิเชยฺย”[1] มีนามบัญญัติว่า พระศรีวิชัย