อธิกรณ์
ชื่อเสียงของครูบาเจ้าศรีวิชัยทำให้พระสังฆาธิการในจังหวัดลำพูนบางรูปนำโดยเจ้าคณะจังหวัดลำพูนตั้งอธิกรณ์กล่าวหาว่าท่าน 8 ข้อ เช่น ทำตัวเป็น “ผีบุญ” อวดอิทธิฤทธิ์ ซ่องสุมกำลังผู้คน คิดขบถต่อบ้านเมือง และนำท่านไปจำไว้ที่ลำพูนและวัดศรีดอนไชย เชียงใหม่ จากนั้นจึงได้ส่งตัวท่านไปไต่สวนที่กรุงเทพฯ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส จึงทรงตั้งคณะกรรมการพิจารณาเรื่องพระศรีวิชัย ประกอบด้วย พระเจ้าวรวงศ์เธอ กรมหมื่นชินวรสิริวัฒน์ พระญาณวราภรณ์ (ม.ร.ว.ชื่น สุจิตฺโต) และพระธรรมไตรโลกาจารย์ (เจริญ ญาณวโร) ได้ถวายรายงานมีความเห็นว่า ข้อ 1-5 ซึ่งเกี่ยวกับการไม่ให้ความร่วมมือกับฝ่ายปกครอง พระศรีวิชัยรับสารภาพและได้รับโทษแล้ว ข้อที่เหลือซึ่งเกี่ยวกับการอ้างคุณวิเศษ พระศรีวิชัยไม่มีความผิด เพราะประชาชนเล่าลือไปเอง และเจ้าคณะลงโทษเกินไป ควรปล่อยพระศรีวิชัยกลับภูมิลำเนา สมเด็จกรมพระยาวชิรญาณโรรสทรงเห็นชอบ[6]
มรณภาพ
ครูบาเจ้าศรีวิชัยมรณภาพเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์[2] พ.ศ. 2481 (เมื่อก่อนนับศักราชใหม่ในวันสงกรานต์ ถ้าเทียบปัจจุบันจะเป็นต้นปี พ.ศ. 2482) ที่วัดบ้านปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน สิริอายุได้ 60 ปี ตั้งศพไว้ที่วัดบ้านปาง เป็นเวลา 1 ปี จึงได้เคลื่อนศพมาตั้งไว้ ณ วัดจามเทวี อำเภอเมืองลำพูน จังหวัดลำพูน จนกระทั่งวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2489 จึงได้รับพระราชทานเพลิงศพ โดยมีประชาชนมาร่วมในพิธีพระราชทานเพลิงศพจำนวนมาก และประชาชนเหล่านั้นได้เข้าแย่งชิงอัฐิธาตุของครูบาศรีวิชัย ตั้งแต่ไฟยังไม่มอดสนิท แม้แต่แผ่นดินตรงที่ถวายพระเพลิง ก็ยังมีผู้ขุดเอาไปสักการบูชา อัฐิธาตุของท่านที่เจ้าหน้าที่สามารถรวบรวมได้ได้ถูกแบ่งออกเป็น 7 ส่วน แบ่งไปบรรจุตามสถานที่ต่าง ๆ ทั่วแผ่นดินล้านนาดังนี้
- ส่วนที่ 1 บรรจุที่ วัดจามเทวี จังหวัดลำพูน
- ส่วนที่ 2 บรรจุที่ วัดสวนดอก จังหวัดเชียงใหม่
- ส่วนที่ 3 บรรจุที่ วัดพระแก้วดอนเต้าสุชาดาราม จังหวัดลำปาง
- ส่วนที่ 4 บรรจุที่ วัดศรีโคมคำ จังหวัดพะเยา
- ส่วนที่ 5 บรรจุที่ วัดพระธาตุช่อแฮ จังหวัดแพร่
- ส่วนที่ 6 บรรจุที่ วัดน้ำฮู จังหวัดแม่ฮ่องสอน
- ส่วนที่ 7 บรรจุที่ วัดบ้านปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน